Sinh ra ở São Paulo, Brazil, Rafinha gia nhập đội trẻ Barcelona ở tuổi 13. Vào ngày 08 tháng 1 năm 2011 anh đã bắt đầu sự nghiệp chuyên nghiệp của mình từ đội Barca B khi vào sân thay thế cho Jonathan dos Santos trong phút thứ 55, tỉ số khi ấy là 2-1 nghiêng về Girona FC tại giải hạng 2 TBN. Một tuần sau, một lần nữa ra sân từ băng ghế dự bị, anh đã ghi bàn thắng đầu tiên trong chiến thắng 3-2 tại UD Salamanca.

Rafinha có trận ra mắt tại đội một Barcelona vào ngày 09 tháng 11 năm 2011, thay thế vị trí của Cesc Fabregas trong 15 phút cuối trận với CLB L'Hospitalet tại Copa del Rey. Anh kết thúc mùa giải với 39 trận trong đó có 35 lần ra sân chính thức và 8 bàn thắng cho đội nhà.

Vào ngày 27 tháng 6 năm 2013, Rafinha gia hạn hợp đồng với Barca, anh ở lại CLB cho đến năm 2016. Một vài tuần sau đó, anh đã được Barca cho Celta de Vigo mượn để tích lũy kinh nghiệm. Mùa giải 2014-15, anh cùng với Barcelona đoạt cú ăn ba sau khi vô địch La Liga, Copa del Rey và Champions League.